Durch die Umgestaltung des Anschlusses Airolo wird die Landschaft bedeutsam aufgewertet. Rund 1,9 Millionen Tonnen Ausbruchmaterial aus dem südlichen Tunnelvortrieb wird für die Überdeckung der Autobahn mit Grünflächen und für die Geländemodellierung verwendet. Weiter sind eine neue Verbindung zwischen dem Dorf Airolo und dem rechten Talhang, sowie der Rückbau des Viadukts von Albinengo geplant. Durch die Renaturierung der Talsohle entstehen nebst neuen Grünflächen insbesondere Zonen für Freizeitaktivitäten.

Die Bahn transportiert rund 3,5 Millionen Tonnen Gesteinsmaterial aus dem Ausbruch der zweiten Röhre nach Flüelen. Dort findet es bei der Renaturierung der Flachwasserzone im Urnersee Verwendung. Unter Renaturierung versteht man die Wiederherstellung von naturnahen Lebensräumen, in diesem Fall von Zuständen der Gewässer.

Auf der Nordseite setzen das ASTRA und der Kanton Uri ein Landschaftsentwicklungsprojekt um. Dieses beinhaltet die Anpassungen des Geländes des Göscheneralptals (z. B. Entbuschung und Mähen eingewachsener Trockenwiesen), die Sanierung von Trockenmauern und die Aufwertung von Fliessgewässern.

Der Bau der zweiten Röhre bringt positive Externalitäten mit sich. So kann unter anderem die Höchstspannungsleitung von Swissgrid, welche aktuell als Freiluftleitung über den Gotthard führt, in das Bauprojekt integriert werden. Die Leitung über den Gotthardpass wird zurückgebaut, die Umgebung renaturiert.