La construction du second tube a des répercussions inévitables sur l’environnement. Les ouvriers doivent par exemple abattre des arbres et défricher des talus pour faire de la place aux zones de chantier et aux itinéraires de transport.
Le percement du massif du Saint-Gothard représente également une atteinte à la nature. Pour compenser ces préjudices, l’OFROU met en œuvre une série de mesures bénéfiques pour l’environnement de la zone concernée.