Tous les 250 m, une liaison transversale relie le nouveau tunnel principal à la galerie de sécurité et au premier tube du tunnel du Saint-Gothard. Plusieurs cavernes abritent par ailleurs les installations de ventilation. Celles-ci seront créées ultérieurement à l’aide de méthodes d’excavation traditionnelles : une série de trous est percée et chargée d’explosif pour être dynamitée. Les matériaux sont ensuite évacués à l’aide d’excavateurs. Cette méthode d’avancement est également employée dans les zones de perturbations géologiques pour lesquelles le tunnelier n’est pas adapté. La galerie de service est elle aussi excavée à l’explosif.
En raison de l’utilisation d’explosifs, les eaux usées provenant des tunnels contiennent des concentrations élevées de nitrates. C’est pourquoi elles sont traitées à proximité des portails avant d’être rejetées dans des cours d’eau naturels.